中国人民解放军南京军区南京总医院居六朝古都南京，背依钟山，侧枕玄武，是一所历史悠久、医教研协调发展的大型现代化综合性医院。医院前身为1929年筹建、1930年建成的国民政府中央医院。是我国第一家由中国人自己创办的国立西医院。抗战期间，先后迁至武汉、长沙、贵阳和重庆等地。1945年日本投降后，迁回南京。1949年4月由解放军接管，1950年6月命名为“华东军区医院”，1955年5月更名为“南京军区总医院”，1986年11月更名为“南京军区南京总医院”，1994年首批被评为 “三级甲等医院”。1995年江泽民总书记为医院题词“弘扬白求恩精神，建设现代化医院”。医院2010年、2011年连续两年位列复旦大学医院管理研究所发布的全国医院排行榜50强。目前，医院现展开床位1800张，年门急诊200余万人次，收容6万余人次。

　　医院主要包括院本部、汤山疗养区、马群东苑、钟岚里、铁心桥、北城圩等6个座落，总占地面积1426亩(95万平方米)，总建设筑面积34.7万平方米。医院本部位于市区中山东路305号，总占地面积230亩(15.3万平方米)，总建筑面积27.5万平方米，其中医疗用房17.7万平方米，医疗区、办公区、生活区三区分明，花园式院区布局，给广大伤病员提供优美宜人的休养环境。疗养区位于景色秀丽的东郊风景区古镇汤山，占地面积716亩(47.7万平方米)，建筑面积5.6万平方米，其中医疗用房2.1万平方米。疗养区风景宜人，温泉资源丰富，以温泉文化为核心，温泉水理体疗为特色，建成康复、理水疗和体检 “三个中心”，配有汤山一号露天温泉、健康保健设施及配套用房的综合性康复疗养服务，集疗养、医疗、康复、体检于一体，全年可接待疗养及康复病人。

　　科室设置

　　医院设有52个科室，其中临床科室29个，医技科室17个，职能科室5个。拥有国家重点学科1个，全军重点实验室2个，全军医学研究所4个，全军医学专科中心3个，国家药物临床试验机构1个，江苏省卫生厅“科教兴卫工程”临床医学中心2个、医学重点学科5个，江苏省科技厅临床医学研究中心2个。拥有国家、军队、江苏省重点学科以上的科室34个，占全院学科总数的65%。

　　科技人才

　　院士专家领其衔，栋梁之才集于斯。医院拥有以黎介寿、刘志红两位中国工程院院士领衔的一批专家群体。具有技术创新力、品牌创造力、发展推动力的“3个400”强大人才方阵，即博硕士高学历人员445名，高级职称专家448名，在读研究生475名。拥有国家、军队专业委员会正副主任委员118人次，43人享受政府特殊津贴，3人获“全国百名医药卫生科技之星”，2人获“何梁-何利奖”，1人获“保罗-杨森吴阶平医学研究奖”，2人获“中国科协求是奖”，4人被评为“国家有突出贡献中青年专家”，2人获“第三届军队专业技术重大贡献奖”，1人获“第四节光华工程科技青年奖”，2人入选国家“百千万人才工程”第一、二层次。

　　特色医疗

　　医院整体医疗技术水平较高，形成了心肺脑复苏、连续性血液净化、肾活检及免疫病理、肠外瘘治疗、全肠外营养的研究与应用、急性重症胰腺炎救治、脑垂体移植、药动学的研究与应用、自体干细胞骨髓移植和临床免疫的研究、男性不育症诊断治疗等诸多特色医疗技术。先后成功完成亚洲首例小肠移植、亚洲首例肝肠联合移植、全军首例心脏移植;“多靶点治疗重症狼疮性肾炎”和小肠移植技术达到国际领先水平。2004年，肾脏科肾移植手术人、肾存活率均达100%，居国际领先水平，被入选“中国医药科技十大新闻”;在国际上首次报道肠粘膜干细胞移植技术治疗放射性肠炎的动物实验获得成功;创造性建立系统治疗重症胰腺炎的新模式;开出国内第一辆家庭营养治疗车;成功施行国内首例系统性淀粉样变性自体造血干细胞移植;建立国内第一个脑血管病注册网。

　　教育培训

　　医院长期与国内著名高等院校联合办学，是南京大学医学院临床学院，第二军医大学、南方医科大学临床医学院，承担十多所高等医学院校的教学任务，完成大专生、本科生、硕士生、博士生和博士后全系列教学、临床带教和人才培养任务。在全国医院系统首家设立“博士后科研工作站”，拥有博士研究生培养学科和专业11个，硕士研究生培养学科和专业35个，博士研究生导师38名，硕士研究生导师150名，博士后联系导师25名。医院内科学、外科学2个二级学科，均成为博士学位授予权学科，2011年3月，临床医学专业被批准为全军同类医院中唯一的博士授权一级学科。医院现为江苏省住院医师规范化培训基地。

　　科技成果

　　按照创建研究型、转化型医院的目标，着力强化研究创新，促进临床转化。通过创新系列科技管理政策，深入挖掘自身潜力，主动谋求新突破，先后成立两个转化医学研究中心。“十一五”以来，获得国家科技进步一等奖1项，军队和省部级科技成果一等奖14项、二等奖39项。获得外源性课题资助经费近2亿元。国家科技进步一等奖和“973”首席科学家课题均实现零的突破。统计源期刊论文数、引文次数、SCI期刊论文数等5项论文排名始终保持在全国、全军医院前列。医院主办的4种期刊全部被国家科技部选定为中国科技论文统计源期刊。在全军第八届医学科学技术委员会该选中，医院4人当选为委员，3位院士当选为常务委员。